Firma, której obrót w ciągu ostatnich 12 miesięcy przekroczył 1.000.000 CZK jest zobowiązana do zarejestrowania się do celów zapłaty podatku VAT. Na obowiązkową rejestrację firma w większości przypadków ma 15 dni od końca miesiąca, w którym spełnione zostały warunki rejestracji. Możliwe jest również dobrowolne zarejestrowanie się do celów podatku VAT w dowolnym momencie, na przykład jeśli firma ma duże wydatki na podatek VAT, ale nie osiągnęła jeszcze progu przychodu 1 000 000 CZK.
Wniosek o rejestrację należy złożyć drogą elektroniczną i powinien zawierać następujące dane:
- Nazwa i siedziba firmy
- Zestawienie pozostałych numerów VAT i dat rejestracji w Unii Europejskiej
- Rachunek bankowy prowadzony w czeskim banku
- Oryginalny wyciąg z rejestru handlowego
- Opis charakteru prowadzonej działalności
Wszystkie dokumenty muszą być przetłumaczone na język czeski (wymagane jest tłumaczenie przysięgłe). Organy podatkowe mają 30 dni na rozpatrzenie wniosku rejestracyjnego po jego złożeniu. Cały proces rejestracji dla celów podatku VAT trwa zwykle od jednego do dwóch miesięcy, w zależności od jakości przedłożonych dokumentów. Po rejestracji urząd skarbowy przydziela firmie numer VAT (DIČ), który służy do identyfikacji płatności od płatnika.
W przypadku sprzedaży dokonywanej na odległość próg określający, czy należy zapłacić VAT od sprzedaży klientom czeskim, wynosi 1 140 000 CZK.